第二部内容的格局和产生的环境在作者看来，红楼梦实际上是对顺治皇帝一生的隐喻，顺治是一个天生的王者，个性奇特，贾宝玉也是这样一个奇特个性的富贵闲人，顺治皇帝和董鄂妃的孩子夭折，贾宝玉也失去了自己的孩子，顺治反对正配的皇后，贾宝玉也坚决冷落了端庄的宝钗，他们都选择了自己的爱情对象，率真灵性的对象，作者在武侠红楼里把董鄂妃和林黛玉刻画成一对玉女结义姊妹，将贾宝玉和顺治皇帝的命运交错成为一对可能的孪生兄弟，正是红楼梦中真假宝玉的替换，对红楼梦想真正说明的历史做了一个大胆的假设。
顺治想投身佛门而因病去世，贾宝玉延续了他的梦。在经历艰难的修行后成为一代宗师。
董鄂妃为顺治生了一个孩子。林黛玉却冰清玉洁地一直生活在现实生活之中，在作者看来，真正的黛玉应该会在贾珠的安排下和贾宝玉在警幻仙子处留下一个孩子，这一夜梦境让宝玉终身难忘，因为黛玉中毒，贾珠不得不将这个孩子假托在傻乎乎的麝月名下，实际上却是黛玉的孩子，宝钗因为亲戚的冷漠失去了自己的孩子一直保持缄默聪明地不说，直到瓜子溺毙，宝玉怀疑宝钗有心，终于夫妇再难相续。
而随后宝玉在第二部武侠红楼中见到的一个酷似自己的孩子让他开始怀疑当初溺毙的到底是哪一个，是什么原因让这个孩子离开父母生存下来。
多年以后，宝玉凭吊顺治陵墓在这里发现了真相。也终于使他看透了人生的无常而顿悟。
北静王发现了顺治的一个秘密，就是和顺治皇帝一起出生的还有一位王子，他想利用这一点让皇帝同意自己掌管两旗，但奇特的顺治皇帝却以谋反罪秘密监控了北静王。
他和顺治顺治为追求自己喜欢的弟媳妇董鄂妃让自己的弟弟羞愤自杀。
孝庄十分生气，让一个剑客秘密寻找这个孩子。北静王在一个偶然的机会了解到了宝玉的出生，他和博穆博格尔有一段鲜为人知的忘年交，这使得他对顺治的心里有一种芥蒂，导致最后两个骄傲的人矛盾的爆发，为彻底打击北静王，宝玉家被查抄，北静王水溶被逼疯，宝玉成为杀害水溶的凶手，一家被绑缚刑场贾珠运用易容术假扮北静王。
孝庄的特赦令才解救了宝玉全家。但孝庄也不得不为了维护自己养大的皇帝的面子而做出让步，顺治娶了董鄂妃。
这一对孪生兄弟的命运奇特地相关，直到顺治病死，宝玉坚决不认皇室，一次又一次地拒绝了皇室的拉拢。
与此同时，南明小王朝被吴三桂逼到绝境，探春带着北静王躲在密道之中，被林黛玉解救，探春和北静王远走关外，再没有回过中原。
新任的康熙皇帝对这一段秘史十分不安，让在狱中的贾雨村寻找贾宝玉。
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