自伏羲、蚩尤第一次大战之后，蚩尤便闭关修炼，力求下一次碰面能打败伏羲，一举成为新的天帝。而伏羲当然也不敢懈怠，终日打坐思索如何击败蚩尤。受轩辕剑启示，伏羲一直着力于创造武器。
这日，伏羲采首山之铜制成擒魔鼎，便来到天地中心，欲引万灵石之灵气注入擒魔鼎。奈何万灵石灵气太强，根本不受伏羲引导。正当伏羲惆怅之时，万灵石突然挣脱出一位神。伏羲心中大喜，拦住那神的去路，说道：“守护神，且慢走！”
“守护神？你是叫我吗？”那神有些惊讶，声音有些像小孩子，看起来心智应该也还未发育成熟。
“当今世界神魔相争，天下大乱，民不聊生。你在此时出现，必定是身负平定魔界之大任。”伏羲缓缓说道。
“神魔相争与我何干？天下偌大，吾当游之！”守护神说罢，便欲离开。无奈之下，伏羲竟强行将守护神注入擒魔鼎，并施以八卦等阵法，借助神之灵力在鼎中创造了另一世界。至此，擒魔鼎制成，鼎中包罗万象，入鼎易，出鼎难，若不知阵法精髓，就是伏羲本人也不能破鼎而出。
鼎成之后，伏羲也不敢耽搁，便直接向蚩尤发起了挑战。蚩尤身为战神，自然也没有不应战之理。神魔两军便又聚集起来大战。两军阵前，伏羲说道：“上次大战，神魔损伤巨大，你我今日便单挑如何？”
“那是最好。”说罢，蚩尤便杀向伏羲。只见伏羲突然扔出擒魔鼎，便将蚩尤套了进去。蚩尤进鼎之后，四周并无边际，无论蚩尤如何寻找，却总找不到出路。寻找之隙，突然出现多股力量，对蚩尤发起进攻，虽然这些进攻并未能伤害到蚩尤，但却总让蚩尤分心，无法破阵。
而此时鼎外的世界里，伏羲更是操纵阵法，注入自己的力量，意图消灭蚩尤。其他神魔众将都十分紧张，屏住呼吸，注视着擒魔鼎。擒魔鼎内，伏羲的力量从四周向蚩尤缓缓挤压，仿佛要将蚩尤碾压成粉末。
只见擒魔鼎越变越小，越变越小，似乎要消失在这个世界。突然，“砰”的一声，擒魔鼎竟然破裂，蚩尤破鼎而出，伏羲倒退了两步，一口鲜血差点喷了出来，虽强行忍住，但已不能动弹。而蚩尤情况更是不妙，虽然破鼎而出，但却吐了一口黑血，已站立不住，只能用战神斧支撑着，动弹不得。
神魔众将见此状，大多十分惊讶，不敢乱动。突然，一人手持轩辕剑直接砍向蚩尤，竟将蚩尤脑袋直接砍下。刹那间众人惊慌，一片骚动。而刑天见状更是怒不可言，直接提斧砍向黄帝。众神回过神来，更是趁势，杀向魔界大军，一时间杀声震天。蚩尤一死，魔界军心大散，匆忙逃窜。虽有几名大将力战，却无奈被围歼，就连刑天也未能幸免于难，被黄帝砍下头颅。虽无头颅，刑天仍力战了好一会，才最终被杀死。
此战过后，魔族大败，人心惶惶。而神界大部分神更是提议歼灭所有魔族人员，以绝后患。伏羲仁慈，并未如此，而是将所有蚩尤后人封印于封魔山，至于其他魔族众人却被封印于月魔井，从此与神、仙、人、妖各界隔绝。
伏羲此战虽然获胜，但是身受重伤，灵力虽然可以恢复，但是魂魄却受到震伤，若不找到解决之法，恐怕也活不了多久了。无奈之下，伏羲只能踏上寻找时光魔轮之路。时光魔轮自上古第二次诸神大战之后，便被封印于北方极寒之地，万年间也从未有人打过它的主意。
伏羲来到极寒之地，欲强行解开封印，无奈极寒之气太盛，伏羲本来灵力就受损，一时间也使不上力气。伏羲便召来炎帝、祝融众神，虽是要获取时光魔轮，但炎帝众神深信伏羲德行，便也二话不说，直接帮忙。在上古三昧真火和众神力量下，时光魔轮旁边阵法被破，时光魔轮和盛放时光魔轮的聚魂砚重现于人间。
时光魔轮虽是圣物，但却并未得到伏羲第一时间的关注，反而是聚魂砚，让伏羲十分感兴趣。伏羲每当靠近聚魂砚，便觉得灵魂颤动，仿佛受到共振。
自此，伏羲便闭关研究聚魂砚。经过一番苦心研究，伏羲终于发现了聚魂砚的作用，原来聚魂砚可让受损的魂魄重聚，也可让因灵力太弱或者因外在原因而肉体死亡的魂魄重新复活，换句话说，只要灵魂的命数未到，就可复活重生。多日研究后，伏羲又发明阵法，配以心法加上聚魂砚便可修复所有受损灵魂，伏羲也因此伤势痊愈。
而后，因人间的人常因伤病、天灾而死亡，常常享受不到灵魂的命数，伏羲便设立冥界，令帝俊为冥帝，授予聚魂砚，用于让未应消散的魂魄重聚，并施以轮回，重获肉身。自此，六界初成，天地有序运转，尽显一片生机。
时间总是那么的神秘，它让人沉迷，让人享受；它又让惋惜，让人感叹；而它最终留给人的更多是恐惧，因为随着它的流淌，带给众生的都将会是死亡。伏羲虽贵为天帝，掌握六界生杀大权，但终究也开始对时间产生了畏惧。而又恰巧手中刚好有时光魔轮，伏羲便试图掌控时间。不过，跟时光魔轮打交道毕竟是凶险之事，伏羲恐六界再出大事，于是便打算封印万灵石。
伏羲便召来众神讨论此事。众神意见并不统一，帝俊说道：“神母石乃众神之母，怎可贪图安乐而将其封印。”黄帝却不以为然：“封印神母石，对神母石而言并非坏事。若无新神诞生，天地既可享受安宁，而神母石也可保灵力不散失，这又有何不可？若不封印，倘若再出来个蚩尤，又或者比蚩尤强上百倍之神，我等当奈何？而神母石又将会是何境地，谁能保证？”
……
经过一番讨论，众神意见虽然还不统一，但伏羲最终拍板，封印万灵石。从此之后，世间便再无新神。而伏羲也安心研究时光魔轮，直到有一天，伏羲突然消失，不知去向，留下的只有那发着黑光、冷冰冰的时光魔轮。关于伏羲去向，众说纷纭，有人说伏羲已被时光魔轮碾压致死，也有人说伏羲已突破时光魔轮，穿越于古今之间。然而至于伏羲的真正去向，至今无人知晓，不过时光魔轮更是成了天界禁物，任何人不敢擅动。
伏羲消失后，黄帝便顺理成章接管天界，成为新一代的天帝，而六界发展也并没有因此有任何的停滞。