两路大顺军会师之后，有雄兵三十万，战将千员，可谓是兵甲林立、猛将如云。只可惜，由于闯王诈死离军，这支军马始终处在一种群龙无首的状态。再加上大顺政权的崩溃，使得他们重新成为流寇。
由于袁宗第等人所率的军队曾经遭到何腾蛟的敌视和瓦解，军中许多人对明朝再度失望，一度希望通过投降清朝来获取生存空间。李过、高一功等坚决反对，称闯王崩殁之时，仍痛骂清军。今日里若降了清朝，如何对得起闯王。
由于何腾蛟所作所为，叫大顺军部将丧失了对明朝的信心，李过在给湖北巡抚堵胤锡的书信中也充满了疑问和试探：“堵巡抚胤锡勋鉴，臣将李过、高一功等，今集结永昌旧部三十万，欲听命府台，甘听差遣，驱除鞑虏，恢复中原。可乎？”
李过的信写得十分简短，堵胤锡看过之后却意兴绵长。
三十万！能征善战的三十万大军啊！对于屡战屡败的明朝，对于望风而溃的明军，这是多么强悍的一股生力军。
堵胤锡激动地一夜未眠，凌晨时分，给身居福建的隆武帝朱聿键写下一封奏疏，请求隆武朝廷收纳这三十万大军，并给主要将领赐爵。
堵胤锡的想法与隆武朝廷的大政方针是一致的，隆武帝和郑芝龙都希望收纳更多的大顺军为朝廷作战，减少自己的伤亡。
十天之后，堵胤锡收到福建回书，允诺堵胤锡收罗大顺旧部，并允他自由整编，封李过兴国侯，其余主要将领全部封伯。
堵胤锡接到朝廷的回书之后，兴奋异常，亲自召李过等十八位将军谈话，并当场宣布整编命令和赐爵诏令。
李过等人俯首于地，表示此生誓为朝廷战斗到最后一息。
堵胤锡将大顺军改编为忠贞营，共分六十营，每营五千人，各设营长、副营长一名，均以原大顺军将领充任。十营为一统制，全军分六统制，田虎、张能、袁宗第、李来亨、塔天保、党守素分任统制将军。统制之上设大将军和骠骑将军，由李过和高一功担任。各统制和各营，堵胤锡分设监军，负责军队的联络和粮草供应，由明将充任。
堵胤锡的改编使得大顺军完全成为明军的一部分，在明朝历史上叱咤风云十来年的李自成农民军彻底消失了。
正当堵胤锡在湖北收罗大顺军残部，组织起三十余万忠贞营时，清军相继攻陷浙江各镇，直逼福建。这一时期的福建本应当一心对敌，却君臣相斗、朝廷党争不绝。
掌握实权的郑芝龙一心认为，中原沦丧、大顺覆灭、江南丢失、湖北易手、赣北归清、浙江亡覆，说明清军战力强大，仅靠一个福建根本无法对敌，索性投降，还谋个侯伯，仍可以富贵终生。如若坚持抗清，其结果不过是跟着朱聿键一起身亡家败罢了。于是，他与清军暗通款曲，多次派信使赴博洛军中，表示愿意以福建一省之地，换郑家一世荣华。博洛称如果郑芝龙献出福建，则日后必封王赐爵，郑家子弟封侯封伯也不在话下。
郑芝龙信以为真，紧锣密鼓的开展降清运动。对于隆武帝提出的许多抗清举措，郑芝龙都全盘否定，一再阻挠，甚至主张弃守福建门户仙霞关和武夷山。
隆武帝大惊失色，深知自己要想有所作为，就必须离开福建，到湖南投奔何腾蛟，利用何腾蛟手下的十万人马和堵胤锡新纳的三十万大顺降兵，或仍可与清军一搏。如若继续待在这里，恐怕迟早是郑芝龙献给清军的大礼。
隆武二年（清顺治三年，1646）八月十三日，由于郑芝龙放弃了仙霞关，博洛和张存仁亲率的满汉大军十五万人大摇大摆的进了福建。老百姓对郑芝龙嗤之以鼻，编了歌谣唱道：“峻峭仙霞路，逍遥军马过。将军爱百姓，拱手奉山河。”
清军进入福建之后，隆武帝慌忙逃离福州，宣布御驾亲征。二十八日，隆武帝亲率的后宫、大臣、卫队约千人辗转到达江西汀州。由于隆武帝随行带着大量的诗文典籍，行军十分缓慢。
博洛听说隆武帝朱聿键已经逃离福建，急忙令部下追击。张存仁亲选明朝降将王文轩领四千骑兵追击隆武帝，声称必须剿灭，活要见人，死要见尸。
王文轩接到命令，自认为大功一件，迅速出击。两天之后，王文轩的四千清兵在汀州城外的赵家塘将隆武帝团团围住。
隆武帝自知生命行将终结，对着苍天大吼一声：“上苍不公啊！何以如此薄待大明，如此薄待于朕哪！”
王文轩冷笑道：“唐王乃亡国之臣，僭立为君，竟敢兴兵对抗新朝，实乃求死之道。如此境地，还感慨什么上天薄待大明！”
隆武帝怒目骂道：“小子无理！朕乃大明苗裔，即便是死，也是大明之忠魂！”说着，用手指了指王文轩和他手下的汉人清兵，“不像你们，剃了头发，易了冠裳，丢了祖宗！想想看啊，你们都是汉人，今天竟穿着满人的衣服，拿着满人的兵器来替满人来杀汉人。你们算什么！”
王文轩被骂的哑口无言，众军士也羞得满脸通红，手中高举的刀开始不自觉地下落。
王文轩担心部下哗变，赶紧说道：“唐王若降，本将可力劝张总督，保殿下性命周全。”
隆武帝冷笑一声，“张总督，什么张总督，你说的是张存仁吧！他算什么东西，不过也是个背主叛国的狗贼罢了。恐怕你们的满洲主子也不会把他的话当话听吧。再说了，朕乃大明君主，难道还要跟你们这些逆臣贼子乞活吗？”
王文轩心一横，说道：“既然殿下如此想法，那就别怪本将了。”说着，挥一挥手，手下军士万箭齐发，隆武帝、皇后、弘光帝的母亲、随行的大臣、太监、卫士全部被杀。
大明一代有望中兴的能君就这样凄然落幕。这真是；昔日流寇耻做贼，今朝公卿甘为寇。可怜一代雄才主，竟为无名叛徒诛。